Nel 1986, dopo le aspre polemiche su Buonasera Raffaella, la Rai decide di non affidare a Raffaella un nuovo grande show serale, anche a causa di un palinsesto già occupato da Fantastico al sabato sera.
A Raffaella è proposto un programma di intrattenimento serale, sempre al giovedì ma molto più semplice, familiare ed orientato verso i problemi della gente.
Ma Raffaella non vuole adagiarsi su una formula già sperimentata e di sicuro successo. Desiderosa di mettersi alla prova con sfide sempre più stimolanti, si candida pubblicamente attraverso un comunicato ANSA per la conduzione di Domenica in per la stagione 1986/1987.
La proposta viene accolta e Raffaella diventa la prima conduttrice donna del contenitore di Rai1.
Nuova pettinatura e nuovo stile, la filosofia del programma secondo Raffaella è quella di offrire un pomeriggio distensivo, allegro, pacificante e anche un po’ ironico.
Nonostante il grande successo di pubblico, questa edizione è segnata dalla malattia e successiva scomparsa di Mamma Iris e dallo sfogo in diretta contro un noto settimanale di gossip a cui seguirà un richiamo all’ordine da parte dell’azienda. Raffaella è accusata di aver fatto un uso improprio della TV di Stato, sfruttando microfoni e video del servizio pubblico per dichiarazioni personali.
Dopo le feroci polemiche degli ultimi anni, il mancato sostegno dell’azienda in questa ultima triste vicenda spinge Raffaella a pensare ad una nuova esperienza in Fininvest per inseguire una libertà troppo spesso censurata in Rai: libertà di guadagnare, di comunicare e soprattutto di proporre e realizzare idee.
Ma ancora una volta scoppia un nuovo caso Carrà: Raffaella partecipa ad una conferenza stampa insieme a Pippo Baudo apparendo al fianco di Silvio Berlusconi che annuncia l’imminente passaggio delle due colonne Rai alla Fininvest.
Il contratto di Raffaella con la Rai non è però ancora terminato e il consigliere democristiano della Rai Sergio Bindi sostiene che Raffaella abbia di fatto rotto il contratto d’esclusiva chiedendone l’immediata sospensione. Ma gli sponsor di Domenica in sono legati a Raffaella e un cambiamento di conduzione non potrebbe essere giustificato agli occhi di operatori pubblicitari che hanno scelto di lanciare un determinato prodotto in un programma caratterizzato da un volto e un nome precisi. Così Raffaella continua a lavorare.
Dal 31 maggio 1987, data della scadenza del suo contratto, Raffaella lascia la Rai per Canale 5. Raffaella spiega di aver preso questa decisione perché «la televisione commerciale credo sia la televisione del futuro ed io sento di dover fare anche questa esperienza».